Общее руководство таможенным делом осуществляют Президент Российской Федерации и Правительство Российской Федерации.
Центральным органом федеральной исполнительной власти Российской Федерации, осуществляющим непосредственное руководство таможенным делом в Российской Федерации, является Государственный таможенный комитет Российской Федерации.